Actuellement, la CPM est présente dans les 22/23 régions de Madagascar et, sa structure organisationnelle se présente comme suit :
- Au niveau local : 2 391 Organisations Paysannes de Bases (OPB)
- Au niveau communal : 287 Unions d’Organisations Paysannes de Bases (UOPB)
- Au niveau régional : 22 Coalitions Paysannes de Madagascar régional (CPMr)
- Au niveau national : Bureau national et Secrétariat Exécutif